Skalskiemu karierę i zaszczyty proponowali Brytyjczycy i Amerykanie. Wolał wrócić do kraju. Komuniści "nagrodzili" go oskarżeniem o szpiegostwo, torturami i wyrokiem śmierci. 7 kwietnia 1950 r. został skazany w tzw. procesie kiblowym.
W Wielki Piątek 1950 r. Stanisław Skalski zdążył jeszcze odebrać od oddziałowego obiad. Gorącego zjeść już nie zdołał – strażnik wywołał go z celi. Pospieszał: "Prędzej, prędzej!".
"Nawet nie wiedziałem, że idę na swój proces. Wróciłem, to jeszcze zupa była ciepława. Dokończyłem jeść. Ile więc mógł trwać cały proces? – pół godziny maksimum" – wspominał as polskiego lotnictwa. Jedyny świadek na jego procesie zaprzeczał jakiejkolwiek jego winie, ale to nie miało żadnego znaczenia.
W ubeckich więzieniach nazywano takie procesy "kiblowymi". Człowiek formalnie dowiadywał się, że grozi mu kara śmierci na kilka minut przed wejściem na salę sądową. Zresztą nie zawsze sądzono go na sali – nierzadko procesy odbywały się w celach. Ławnicy i sędzia zajmowali wtedy wszystkie miejsca siedzące (prycze i krzesła).