Na terenach objętych powodzią istnieje potencjalnie zwiększone ryzyko zachorowań na choroby przenoszone przez zanieczyszczoną wodę. Eksperci w rekomendacjach wskazują jednak, że obecnie nie ma konieczności masowych szczepień ochronnych dla wszystkich osób przebywających na terenach dotkniętych powodzią. Początkowo rząd chciał zobowiązać do szczepień policjantów, funkcjonariuszy Straży Granicznej i Państwowej Straży Pożarnej, którzy biorą udział w usuwaniu skutków powodzi, ale wycofał się z tego.
Stanowisko na temat immunoprofilaktyki chorób zakaźnych na terenach dotkniętych powodzią w Polsce opracowali: prof. Miłosz Parczewski, krajowy konsultant w dziedzinie chorób zakaźnych, prof. Iwona Paradowska-Stankiewicz, krajowy konsultant w dziedzinie epidemiologii oraz dr n. med. Paweł Grzesiowski, Główny Inspektor Sanitarny.
Jak wskazują eksperci, zagrożenia epidemiczne na terenach dotkniętych powodzią są zależne od rozmiaru zniszczeń, czasu trwania powodzi oraz sytuacji epidemiologicznej w okresie przed powodzią. W wyniku zalania różnych terenów i obiektów istnieje potencjalnie zwiększone ryzyko zachorowań na choroby przenoszone przez zanieczyszczoną wodę (np. enterotoksyczne Escherichia coli, Shigella, Salmonella, norowirusy, rotawirusy, enterowirusy, pasożyty jelitowe, a także znacznie rzadziej na wirusowe zapalenie wątroby typu A, leptospirozę, dur brzuszny).
