Westerplatte jest dziełem Wisły, powstało z nanoszonego przez nią rumowiska. W wyniku przekształceń w rejonie tzw. Szpicy Mątowskiej od 1554 r. ujście Wisły ulegało przyspieszonemu zamulaniu.
O ile w 1550 r. głębokość toru wodnego w ujściu wynosiła 5,2 m, to w 1581 spadła do 2,9 m, a w 1594 do 2,6 m. Od tego czasu regularnie sondowano tor wodny i nanoszono wyniki na opracowywane co roku mapy, dzięki którym możemy prześledzić zmiany. Na wprost ujścia rzeki do morza co roku pojawiały się ruchome mielizny i rynny. Od 1666 r. na lewo od ujścia zaczęła się tworzyć ławica, zwana Zachodnią (West-Plaate lub Platte – dziś Westerplatte). Powstała myśl wykorzystania jej dla osłony nowego, wolnego od zamulania wejścia od zachodu, między nią a lądem.
Pomysłodawcą był gdański budowniczy Daniel Wilke. Za pomocą udoskonalonych pogłębiarek o konnym napędzie przekopano w latach 1674-1675 Nowy Tor Wodny o długości 600 m, szerokości do 37 m i głębokości 2,5 m. Jego przebieg utrzymuje do dziś głęboki na 11 m Kanał Portowy w Nowym Porcie (do 1945 r. Neufahrwasser). W 1676 r. odcięto go od głównego nurtu śluzą, mającą na celu niedopuszczenie mułu do nowego wejścia.