System funkcjonujący w ramach Lasów Państwowych jest skonstruowany w taki sposób, że nie pozwala ocenić, czy wydatki z funduszu leśnego rzeczywiście były racjonalne i zasadne. Lepiej jest w przypadku nadzoru Dyrekcji Generalnej nad wydatkami podległych jednostek. To najważniejsze wnioski z kontroli przeprowadzonej przez Naczelną Izbę Kontroli.
Jak przypomina NIK, fundusz leśny został utworzony przede wszystkim w celu wyrównywania niedoborów finansowych w nadleśnictwach, powstających na przykład z powodu realizacji zadań administracyjnych. Środki funduszu są przeznaczane także na: zalesianie gruntów niestanowiących własności Skarbu Państwa, realizację zadrzewień na gruntach niestanowiących własności Skarbu Państwa oraz inne prace związane z usuwaniem skutków klęsk i prowadzeniem gospodarki w lasach niepaństwowych. Przepisy przewidują też przypadki, w których z pieniędzy można skorzystać fakultatywnie.